Während der in unmittelbarer Nähe stattfindenden Schlacht von Jena und Auerstedt (1806) befand sich hier das preußische Hauptquartier.
Um 1930 übernahm der „Burgverein Kapellendorf“ aus Erfurt die stark herunter gekommene Wasserburg. Zum 1. Januar 1998 wurde die Wasserburg Kapellendorf an die Stiftung Thüringer Schlösser und Gärten übertragen.

Unweit der Bundesstraße von Weimar nach Jena in dem kleinen Ort Kapellendorf befindet sich die, erstmals 875 urkundlich erwähnte, spätgotische Wasserburg Kapellendorf.
Auf dem heutigen Burggelände und am Asperteich fand man Reste einer frühbronzezeitlichen Besiedlung. Um 1100 errichteten die Herren von Kapellendorf eine steinerne Rundburg mit Burgfried. Später bauten sie ihren Amtssitz auf dem Hausberg bei Jena und nannten sich nun Burggrafen von Kirchberg. Im Jahre 1304 verlor das einst bedeutende Adelsgeschlecht seine Ämter und Burgen und musste 1348 Burg und Herrschaft an die Stadt Erfurt verkaufen. Diese ließ in der Folgezeit die Burganlage modernisieren, vergrößern und zur Wasserburg umbauen.

1508 wurde die Wasserburg an Kursachsen verpfändet. Fortan gehörte sie dauerhaft zum Herzogtum Sachsen-Weimar, das im Jahre 1684 in der Burg ein Justiz- und Rentamt einrichtete. Der Sohn Goethes, Kammerassessor August von Goethe, war 1811 ein dreiviertel Jahr lang beim Rentamtmann Johann Heinrich Urlau auf der Wasserburg tätig. Kurz vor der Auflösung der Ämter in Kapellendorf im Jahre 1817 arbeitete der Sohn Schillers ebenfalls im Rentamt.

Schon Anfang des 12.Jahrhunderts errichteten die Burggrafen von Kapellendorf (später Kirchberg) die erste steinerne Burganlage mit Wehrmauer, Palas und Bergfried.
Zum Schutz ihrer Handelsstraßen in Richtung Osten ließ Erfurt die alte Kirchberger Feste in Kapellendorf zu einer zeitgemäßen Wehranlage, einer Wasserburg, umbauen. Damals entstand eine Ringmauer mit fünf Türmen und einem fünfgeschossigen Breitwohnturm, die Kemenate, um die alte Burganlage und außen herum ein Wassergraben und ein Wall. Im romanischen Teil der Burganlage errichtete man eine Kaminküche mit seltenem, freistehendem Rauchfang. Im Schutz der gewaltigen Wehrmauer befanden sich die Wirtschaftsgebäude (Korn-, Fleisch-, Malz- und Brauhaus usw.). Die Burg war nur über ein Torhaus mit Zugbrücke an der Südseite zugänglich.