Das zur Zeit der Reformation (1540) aufgelöste Kloster wurde 1543 in eine höhere staatliche Bildungsanstalt, genannt Landesschule, mit dem Besitz des säkularisierten Klosters umgebaut. Zu ihren bekanntesten Absolventen zählen später unter anderem Klopstock, Ranke, Lepsius, Nietzsche, Fichte und Lamprecht.
Die Landesschule Pforte galt lange Zeit als das Vorbild für die deutschen humanistischen Gymnasien, die im Sinne Humboldts die Individualität des Schülers zu fördern suchten und hat es bis heute geschafft die großen historischen Traditionen zu bewahren.
Die Bibliothek der Landesschule beherbergt rund 80000 Bände mit dem geistigen Erbe einer wechselvollen Geschichte.

Der Kreuzgang ist das Herzstück der Klosteranlage. Er diente als Verbindungsgang, der Meditation, liturgischen Prozessionen und Lesungen.
Er gehörte in seinen südlichen –zweischiffigen–, nördlichen und westlichen Teilen der Romanik an und war ursprünglich flach gedeckt.
Beim Umbau im 13. Jahrhundert wurden die ersten Gewölbe eingezogen. Entsprechend den strengen Ordensregeln gruppierten sich die wichtigsten Wohn- und Arbeitsgebäude der Mönche - Sakristei, Kapitelsaal, Bibliothek, Dormitorien, Refektorium, Wärmehalle, Küche, Speisesaal - um den Kreuzgang herum.
Anfangs diente der Kreuzganghof dem Kloster als Begräbnisplatz für die Mönche, später zur Meditation.
Die Räume, der Kreuzgang und Kreuzganghof sind heute noch im Kern erhalten.

Am 19. Nov. 1543 wurde in der Landesschule der Unterrichtsbetrieb für begabte Knaben aufgenommen. Die Schule wurde mit dem reichen ehemaligen Klosterbesitz in Gestalt einer Stiftung ausgestattet, so dass in Pforta Lehre und Unterkunft umsonst waren.
Das von materiellen Voraussetzungen weitgehend freie Ausleseprinzip bei der Auswahl der Schüler ermöglichte die Durchsetzung der Idee einer Leistungsschule, in der strenge Lerndisziplin und völlige Einordnung in die Lebensgemeinschaft von Schule und Internat als grundlegende Voraussetzungen einer intensiven Begabtenförderung erreicht wurden.
In den Jahren 1819/20 wurde eine Schulreform durchgeführt, bei der neben den von Anfang an mit besonderem Nachdruck betriebenen Studien in den alten Sprachen, die auf genaue Kenntnis der antiken Schriftsteller und Philosophie abzielten, Deutsch, Musik, Arithmetik und Französisch sowie auch Turnen, Geschichte, Geographie und Physik als reguläre Unterrichtsfächer eingeführt wurden.
Im Jahr 1949 wurden erstmals auch Mädchen in die Internate aufgenommen.
Seit der Gründung haben über 20 000 Schüler und Schülerinnen in Pforta gelernt und wurden hier geformt. Das Stammbuch beinhaltet alle Schülernamen seit 1543 und verzeichnet unzählige auf ihrem Felde bedeutend gewordene Männer, unter ihnen Klopstock, Fichte und Nietzsche.

Der 1268 urkundlich erwähnte Friedhof, südlich der Klosterkirche, wurde 1743 nach Osten erweitert und war zum Teil mit einer Mauer umgeben.
Auf ihm sind Grabsteine des 13.-17. Jahrhunderts reich vertreten, unter ihnen Grabmäler zahlreicher Rektoren und Lehrer. Ältester Grabstein ist der des R. Varch, der den Verstorbenen als Ritzzeichnung wiedergibt und Ende des 13. Jahrhundert entstand.
Im Süden erhebt sich die so genannte „Ewige Lampe“, mittelalterliche Totenleuchte, die zum Seelenheil der Verstorbenen gestiftet wurde. Sie wurde im Jahre 1268 aufgerichtet und ist die älteste und einzige Totenleuchte dieser Art in Deutschland.

Die Herkunft des Namens Pforte oder Pforta ist trotz mehrfacher Deutungsversuche bis heute nicht eindeutig geklärt.
Viele sehen in dem Namen einen Hinweis auf einen Durchgang oder Pass, eben eine Pforte in der Landschaft, wobei man wohl an die heutige Windlücke in Richtung Bad Kösen dachte. Werner Hirschfeld wies 1933 auf die gut erhaltenen großartigen Bogenkonstruktionen im Inneren der alten Klostermühle hin, woraus der Name entstanden sein könnte. Vielleicht sahen die Mönche diese Gegend auch als so schön an, dass sie meinten dies sei die Pforte zum Himmel.
Auf jeden Fall haben sich im 19. Jahrhundert die Namensformen ,,Pforta“ und ,,Schulpforta“, sowie ,,Pforte“ und „Schulpforte“" so eingebürgert, obwohl ,,Pforte“ und „Schulpforte“ sprachlich und historisch eigentlich korrekter sind.

Das Kloster St. Marien zur Pforte besaß die Fischereirechte. Dazu gehörte das schon 1270 erwähnte Fischhaus, das gegenüber von Pforte an der Saale liegt. Über der Tür befindet sich ein 1853/54 vom Portenser Rektor verfasster Text in lateinischer Schrift. Neben dem Fischhaus verläuft parallel zur Saale ein langgestreckter Damm, den die Mönche zum Schutz gegen Hochwasser 1302 aufgeworfen hatten.
Der so genannte „Käppelberg“ auf der rechten Seite der Straße war einer der ältesten Klosterweinberge von Pforte. Er lag nach den Urkunden „ante portas“ und somit vor dem Klostertor.

Das Fürstenhaus entstand 1568 / 75 durch Umbau des Klosterhospitals unter weitgehender Verwendung als monumentaler Baukörper im Stil der Renaissance mit Satteldach, Treppengiebeln und rundem Treppenturm mit Schweifhaube.
Die ehemaligen Klosterbauten um den Kreuzgang wurden für die Verwendung durch die Schule immer wieder umgebaut, lassen im Kern aber die alte Anlage durchaus noch erkennen.

Die Klosterkirche St. Maria gilt als eines der ältesten deutschen Beispiele einer Zisterzienserkirche. Sie wurde als Gründungsbau des Klosters bereits 1136/37 begonnen. Für ihren Bau war die Funktionalität von entscheidender Bedeutung. In den Jahren 1151-68 wurde die flach gedeckte, kreuzförmige Basilika nach französischem Vorbild umgebaut. Der um einiges größere gotische Neubau des 13. Jahrhunderts übernahm wesentliche Teile seines romanischen Vorgängerbaus. Die zuletzt entstandene Westfassade weicht mit ihrem Schmuckreichtum von den traditionellen Regeln zisterziensischer Baukunst ab. Besonders fallen die reich und kunstvoll gestalteten Kapitelle, Konsolen und Schlusssteine, die aufwendige Gestaltung des Chores, sowie die einzigartige Form der Westfassade mit der Kreuzigungsgruppe auf.
Beachtung verdient auch das romanische Triumphkreuz aus der Mitte des 13. Jahrhundert und das bedeutende Alabastergrabmal des Markgrafen Georg von Meißen von 1402.
Allerdings zeigt sich die Fassade nicht mehr ganz im ursprünglichen Zustand, sondern mit den denkmalpflegerischen Ergänzungen von 1854-60.

Die Alabastertumba des Markgrafen Georg von Meißen (1402 gestorben) hat früher vor dem Hochaltar gestanden.
Auf der Grabplatte liegt der Verstorbene in voller Prunkrüstung mit Brustharnisch, Beinschienen und Eisenhandschuhen. Die Seiten der Tumba sind mit den 14 damaligen Äbten verziert.

Die so genannte „Brennerei“ liegt außerhalb des eigentlichen Klosterbezirkes. Hierbei handelt es sich um ein spitzgiebeliges Gebäude, dessen ursprüngliche Zweckbestimmung noch immer nicht geklärt ist.
Wahrscheinlich diente das Gebäude als Torhaus für den angrenzenden Wirtschaftshof. Es führte auch ein alter Wirtschaftsweg in gerader Linie auf die alte Saalefurt bei Almrich hin.
Der Bau des Dachstuhls aus dem Jahr 1516 und Profilierungen mit einem Kreuzsteinfries aus der Zeit um 1220-30 weisen auf einen Bau aus der Frühzeit des Klosters hin.

Die Kulturlandschaft im Raum Naumburg ist im Wesentlichen auf das Wirken der Zisterzienser zurückzuführen. Das Kloster St. Marien zur Pforte wurde 1137 gegründet und war über Jahrhunderte das Zentrum der christlichen Arbeit, der Kultur und des wirtschaftlichen Fortschritts in dieser Gegend.
Im 12./13.Jahrbundert, der Blütezeit des Klosters, zählte der Konvent mindestens 70-80 Mönche. Um einiges höher lag die Zahl der Laienbrüder und des Laiengesinde. Unter den Klosterämtern begegnen uns neben Abt, Prior, Subprior, Kustos, Kantor Kellermeister, Hospitalmeister, Siechenmeister, Pförtner, Schatzmeister, Gartenmeister ,Weinmeister, Webmeister, Schuhmeister auch der Baumeister und Konversenmeister. Von der wissenschaftlichen Arbeit des Klosters ist kaum etwas bekannt, da leider nur wenige Bände seiner Bibliothek erhalten sind.
Die Mönche kultivierten das Saaletal, entwässerten die breite Flussniederung, legten Felder, Wiesen, Teiche und Obstgärten an und bepflanzten die weiten Kalksteinhänge mit Weinstöcken, die sie aus ihren Stammklöstern in der Champagne und Burgund kommen ließen. In ihren eigenen Werkstätten stellten sie Tuch, Wollwaren und Lederprodukte her und betrieben Handel bis nach Meißen, Magdeburg und Brandenburg. Das Kloster besaß eine eigene Bäckerei, Böttcherei, Schmiede, Walkmühle, Brauerei und Brennerei. Vor dem Kloster wurde außerdem eine Herberge von den Mönchen unterhalten.
Im 15. Jahrhundert gehörte das Kloster zu den größten und reichsten Grundbesitzern im mitteldeutschen Raum.